Jordan Lotomba rozpoczął karierę w akademii młodzieżowej Yverdon, zanim przeniósł się do Lozanny i zadebiutował w 2016 roku. Jako wszechstronny obrońca, zdobył trzy tytuły mistrza Szwajcarii z Young Boys i przeszedł przez wszystkie szczeble reprezentacji narodowej, zanim dołączył do pierwszej drużyny po transferze do Nicei. Z 79 występami w szwajcarskiej Super League i 12 meczami w europejskich pucharach dla YB, Lotomba miał doświadczenie, które pozwoliło mu szybko zaaklimatyzować się we Francji, gdzie w pierwszym sezonie rozegrał 36 meczów dla nowego klubu.

Po liderowaniu reprezentacji U21 na EURO, został powołany do kadry na seniorskie EURO w 2021 roku, gdzie pomógł w wyeliminowaniu Francji w 1/8 finału. Po turnieju obrońca wrócił do Les Rouge et Noir z nową energią. W sezonie 2021-22 wystąpił w 34 meczach we wszystkich rozgrywkach. W tym okresie Jordan ponownie otrzymał powołanie do reprezentacji narodowej i zdobył swojego pierwszego gola dla Szwajcarii w meczu z Kosowem w marcu.

Grając 40 razy w sezonie 2022-2023, co było jego rekordem od czasu dołączenia do Nicei, numer 23 w Le Gym zyskał na sile w ostatnich miesiącach. Lotomba, jako zawzięty zawodnik, zyskał sympatię fanów dzięki swojej grze i mentalności, co potwierdza imponujący luty, kiedy to zajął trzecie miejsce w głosowaniu na Aiglona Miesiąca. Jego postępy zostały jednak opóźnione przez kontuzję kostki w marcu, ale zdążył wrócić do składu przed zakończeniem sezonu. 2 września 2024 roku, Lotomba został ogłoszony nowym zawodnikiem Feyenoordu. Ze Stadionowymi podpisał kontrakt do 2027 roku.